Sinopse

O Anime começa com Lan Hikari (Netto Hikari no original), um operador de NetNavis, acordando atrasado para a escola. O seu NetNavi é o MegaMan.EXE (Rockman.EXE), um programa criado especialmente para ele por seu pai. Logo no começo já se sabe quem são os inimigos,

Durante a aventura Lan descobre diversas coisas sobre sua familia, incluindo a verdadeira origem de Megaman.EXE, que é na verdade o irmão gêmeo de Lan, Hub (Saito no original), que morreu pouco tempo depois de nascer.