A Wily Tower é um mini-game secreto presente no jogo Wily Wars do Mega Drive. Para habilitar este modo, é preciso antes vencer os três primeiros games utilizando um save, assim o Wily Tower ficará disponível. Lembrando que, no emulador este modo não pode ser habilitado devido a problemas nos saves do jogo. Se quiser, você pode pegar um save state já do Wily Tower para o Genecyst em ZOPHAR.NET

Ao iniciar o modo, você tem o direito de escolher 8 das 22 armas e 3 dos 6 itens disponíveis dos jogos anteriores.

Fase 1: Por ser em ambiente aquático, o Rush marine pode ser de grande ajuda.

Chefe (Mega Water S): Não se preocupe muito com ele, apenas fique no canto da tela e use uma Bomba de BombMan para acertá-lo quando se aproximar.

Fase 2: Nada especial, a Crash Bomb pode abrir algumas passagens aqui.

Chefe (Buster Rod G): As Bombas de BombMan e o Hard Knuckle são úteis contra ele. Você não o destruirá neste combate.

Fase 3: Use os itens e o Rush Jet para ajudá-lo a atravessar certas partes da fase.

Chefe (Hyper Storm H): Mesmo com tanta energia ele não é tão difícil. A arma a ser usada aqui é a boa e velha Mega Buster, quanto aos espinhos, eles não são letais, mas obviamente podem te atingir e causar dano.

Fase 4: Você pode tomar dois caminhos nesta fase, há alguns power-ups pelo caminho.

Chefe (Salamandra de Fogo): Use as molas para alcançar sua cabeça e acertá-la com a Bubble Lead ou a Ice Slasher.

Fase 5: Use as armas como a Time Stopper e o Rush Jet para ajudá-lo aqui.

Chefe (Bola de ferro): Não fique em seu caminho e acerte-o apenas quando o olho se abrir. As armas úteis aqui são a Thunder Beam e a Gemini Laser.

Fase 6:

Chefe (Buster Rod G): Ele não mudou muito desde o último combate, tente ficar no lugar mais alto e acerte-o com o Air shooter no momento certo.

Fase 7:

Chefe Final (Dr. Wily): No início, alcance os locais mais altos e acerte o canhão com o Thunder Beam ou a Crash Bomb. Depois, use as mãos do robô para acertar sua cabeça com o Hard Knuckle. Por fim, use armas que possam alcançar Wily e acertá-lo como a Shadow blade. Derrote-o e fim de jogo.